関東一円に発生した次元の歪みを利用した、アンジェリア・アヴァロンの原初復古の企み――後に各国聖霊機関において「関東大事変」と呼ばれる事件の収束から、およそ2ヶ月が経過していた。

そんな頃、某大戦時に欧州で魔族の技術供与を受けていた「ドレクスラー機関」が、世界各地での活動を再開する。日本に潜伏していたドレクスラー機関は、西欧聖霊庁により壊滅され、西欧聖霊庁ローゼンベルク支部として再構成された。

その直後、日本各地に大規模な次元の歪みが大量に観測される。あまりにも不自然な異変にドレクスラー機関の暗躍も囁かれ、日本聖霊庁は事態の収束に乗り出し、御苑女学園の一部の聖女たちも立ち上がる。
同じく、ローゼンベルク支部の聖女たちも活動を開始するが、その中にドレクスラー機関によって後天的に聖女の能力を与えられた戦処女(ウァルキュリヤ)の姿があった。

――――日本沈没まで、あと6日。